PubMed

PubMed Nedir, Ne İşe Yarar, Nasıl Kullanılır?

Merhaba değerli okuyucularımız,

Bu yazımızda daha önce tanımlamasını yapmış olduğumuz NCBI bünyesinde bulunan önemli bir arama servisi olan PubMed hakkında bilgiler vereceğiz. PubMed nasıl kullanılır, bir makale, kitap veya her hangi bir kaynağa nasıl erişim sağlanır, PubMed de arama nasıl yapılır gibi birçok soruya cevap bulacağınız bir yazı olmasını ümit ediyoruz.

PubMed Nedir?

Öncelikle ufak bir hatırlatma olması açısından PubMed ile ilgili bilgilerimizi tazeleyelim. PubMed, ücretsiz bir kaynak olmakla birlikte, NLM (National Library of Medicine) gibi önemli veri tabanlarına erişim sağlayan bir arama servisidir. Bilimsel her hangi bir makalenin tamamı PubMed kullanılarak, yazarların da izin vermesi halinde kolayca erişilebilir. Böylelikle araştırmak istediğiniz konuya yönelik kaynaklara rahatça ulaşabilirsiniz.

Bir Protein Hakkında İsmini Kullanarak Bilgi Edinmek

Birkaç varsayımla işe başlayalım. Örneğin, uzun yıllardır üzerine çalışmış olduğumuz bir genin dizisi elimizde olsun. Bu dizi ile eğer yeterli bilgimiz yoksa yapacağımız ilk iş bir biyoinformatik uzmanına başvurmaktır. Biyoinformatik uzmanının ise bize “ Bize vermiş olduğunuz gen dizisi bir dUTPase.” gibi bir cümleyle geri dönüş yaptığını düşünelim. Elimizdeki veri ile ilgili ufak tefek bilgiler edindik ancak dUTPase nedir en ufak bir fikrimiz yok. Bu terimi ilk kez duyuyoruz. Bu bilgiyle nasıl ilerleyeceğiz, ne yapmamız gerek, nasıl sonuçlara varabiliriz gibi birçok soru işareti kafamızda belirmeye başladı. İşte bu noktada ihtiyacımız olan araç PubMed’ dir. Aşağıdaki adımları takip ederek dUTPase nedir hep birlikte inceleyelim.

1) Tarayıcımızdan bir sayfa açalım ve NCBI sayfasına giriş yapalım. Sol tarafta bulunan veri tabanı seçme kısmından PubMed i seçelim ve arama çubuğuna dUTPase yazalım.

2) Arama sonucunda karşımıza 500 den fazla kaynak çıktığını göreceksiniz. dUTPase hakkında bilgi edinmek için ve elimizde bulunan gen dizisi ile ilişkisini bulmak için oldukça yeterli bir sayı. 

3) Elde ettiğimiz sonuçlara bakacak olursak, çalışma başlıkları ve çalışmada imzası bulunan yazarlara ait bilgileri görebiliriz. Bu adımda istediğimiz her hangi bir çalışmaya tıklayarak abstract denilen özet kısmından dUTPase ile ilgili temel bilgileri kolayca edinebiliriz.

4) Eğer arama sonuçlarını kaydetmek istersek, istediğimiz makalelerin kenarlarında bulunan küçük kutucukları işaretledikten sonra sağ üst köşede bulunan “Send to”  kısmına tıklayarak ve çıkan seçeneklerden “File” ı seçerek -isteğinize göre format seçebilirsiniz- sonuçları kaydedebiliriz. Sonuçların tamamını kaydetmek istersek de yapmamız gereken kutucuk işaretlemeden “Send to” kısmına tıklamak ve aynı adımları gerçekleştirmektir.

Yazar İsmi ile PubMed de Arama Yapmak

PubMed, terimler ile arama yapmanın haricinde, çalışmalarını incelemek istediğimiz her hangi bir yazarın ismini kullanarak da kaynak bulmamızı sağlar. Bunun için tekrardan PubMed veri tabanını seçerek arama çubuğuna istediğimiz yazarın adını yazalım. Birçok sonucun sıralandığını göreceksiniz ancak hangi sonucun bizim istediğimiz konuyla ilgili olduğuna karar vermek oldukça zor. Bu noktada PubMed şu olanağı sağlar. Arama çubuğuna yazar ismini yazdıktan sonra bir boşluk bırakarak ilgilendiğimiz protein adını da yazarsak istediğimiz sonuçlar filtrelenmiş bir şekilde karşımıza çıkacaktır.

Sonuçlardan herhangi birine tıkladığımız zaman makalenin özet kısmı karşımıza çıkar. Tamamına erişim sağlamak için bazı yayıncılar üyelik veya ödeme istemektedir. Eğer yazar makalesine tam erişim sağladıysa PDF olarak kaydetmeniz mümkün. Bunun yanında eğer makalenin tamamı farklı bir internet sitesinde erişilebilir ise, PubMed bizi o siteye yönlendirerek erişim sağlamamıza yardımcı olur.

Filtreleme Kullanarak PubMed’ de Arama Yapmak

Eğer araştırma yaparken belli başlı özellikleri ön planda tutuyorsak ve kriterlerimiz var ise, filtreleme özelliğini kullanabiliriz. Yine dUTPase örneği üzerinden giderek filtreleme nasıl yapılır öğrenelim.

Bir konu hakkında bilgimiz yokken detaylı özelleşmiş bir makale okumak pek de iyi bir fikir değildir. Bunun yerine, bir uzman tarafından konuya dair son gelişmelerin özetlendiği bir inceleme okumak çok daha iyi bir yoldur. Eğer tarih araştırmacısı değilseniz 20 yıl kadar önceki gelişmeleri bilmeye ihtiyacınız olmayacaktır (Moleküler biyoloji alanında 300 yıl öncesi gibi görünmektedir). Tarihsel olarak filtreleme yapacağımızı varsayarak örneğimize geri dönelim. PubMed aramamızda amacımız, dUTPase ile ilgili son dönemde yayımlanmış inceleme makalelerini bulmak. Hadi başlayalım.

1)     Tarayıcımızdan PubMed sitesini açalım.

2)     Arama kutusuna dUTPase yazalım.

3)    Sol kısımda makale tipleri, yazı erişilebilirliği, yayımlanma tarihleri gibi filtrelemeleri görebiliriz. Bunun yanı sıra additional filters kısmına tıklayarak daha bir çok filtrelemeyi görebilmemiz mümkün. 

4) Article type kısmından review seçersek ve dil kısmından İngilizce seçersek sonuçlarımız filtrelenmiş bir halde daha düzenli olarak karşımıza çıkacaktır.

Ek bilgi olarak, tırnak içindeki aramalar –örneğin   “down syndrome”- tek bir kelime olarak kabul edilir ve bize en ilişkili sonuçları sunar.

Umarız yazımız sizler için bilgilendirici olmuştur. Eğer kendiniz de uygulamalı olarak adımları teker teker gerçekleştirirseniz, istediğiniz makaleye kolayca nasıl erişebileceğiniz hakkında daha fazla fikir sahibi olabilirsiniz.