İLETİŞİM

E-posta: biyoinformatikdunyasi@gmail.com
Web adresi: www.biyoinformatikdunyasi.blogspot.com

Yorumlar

Yorum Gönder

Bu blogdaki popüler yayınlar

NCBI ve BLAST ' a Giriş

Resim
NCBI Bir önceki yazımızda bahsetmiş olduğumuz veri tabanlarından biri olan NCBI (National Center for Biotechnology Information), hesaplama biyolojisinde araştırma yapan, genom verilerini analiz etmek için yazılım araçları geliştiren ve biyomedikal bilgiyi yayan, NLM (National Library of Medicine)’nin alt birimidir. 1988 yılında ABD’ de kurulmuştur. NCBI, matematiksel ve bilişimsel yöntemler kullanarak, moleküler seviyede temel biyomedikal alanlardaki problemler üzerine araştırmalar için rehberlik yapar.   Makale, gen, protein, nükleotid gibi farklı veri tabanları içerir. Bu veri tabanları sayesinde, literatür tarama, sekans araştırması yapma, farklı organizmalara ait genetik bilgiyi araştırma vb. bir çok alanda araştırmacılara kaynak sağlar. Öne çıkan popüler kaynaklar şöyledir; PubMed : MEDLINE (Medical Literature, Analysis, and Retrieval System Online)’ da 24 milyondan fazla alıntıya erişim sağlayan National Library of Medicine (NLM) ve diğer ilgili veri taba
Devamı

Biyoinformatikte Veri Tabanları

Resim
Veri Tabanı  Nedir?      Veri tabanı, verilerin sistematik bir şekilde toplanmasıyla oluşan, verinin depolanmasını ve üzerinde değişiklikler yapılmasını sağlayan elektronik bir bilgisayar sistemidir. Veri tabanları, herhangi bir verinin kolayca elde edilmesi konusunda ve aynı zamanda bir verinin değiştirilerek güncel bir yapı haline getirilmesinde yardımcı olurlar. Basit bir örnek verecek olursak; bir telefon rehberine kişilere ait isimleri  ve telefon numaralarını kaydetmek için bir veri tabanı kullanmak gerekir. Veri tabanları bilgilerin düzenli bir şekilde depolanması için önemlidir. Farklı kullanıcılar tarafından erişilebilirlerdir. Biyoinformatik Alanında Veri Tabanları Biyoinformatik alanı, çalışma alanı itibariyle biyolojik bilgilerin oluşturulması ve bu oluşturulan bilgilerin düzenli bir biçimde saklanması için veri tabanlarına ihtiyaç duyar. Biyolojik veriler, oldukça yoğun olduğundan dolayı haliyle bir veri tabanına -sistematik ve düzenli bir şekilde çalışmak
Devamı

DNA Dizileme Yöntemleri

Resim
Bu yazımızda DNA dizileme yöntemlerine ilişkin bir takım bilgiler paylaşmayı hedefliyoruz. DNA dizileme neden yapılır, hangi teknikler kullanılır, bizlere nasıl bir fayda sağlar gibi farklı alt başlıklarda kısaca konuyu toparlayacağız. DNA dizilemeyi basitçe şu şekilde tanımlayabiliriz; bir DNA ipliğinde bulunan 4 farklı bazın (A,G,C,T), kesin ve doğru bir sırada dizilenmesine DNA dizilimi (DNA sequencing) denir. Öncelikle insanlarda genetik yapıya  geri dönüş yapalım ve bazı sayısal bilgilerden söz edelim. Bildiğiniz gibi insanlar 23 çift kromozoma yani toplamda 46 kromozoma sahiptirler ve bu kromozomlar 50,000,000 dan 300,000,000 a kadar değişen baz çifti (A-T, G-C bazlarının karşılıklı ipliklerde kimyasal bağlarla -hidrojen bağı-  birleşerek oluşturdukları çift yapı) içerirler. Bu da yaklaşık olarak 3,2 milyar DNA bazına tekabül eder.  Sayıyı düşündüğümüz zaman oldukça uzun bir DNA zincirine sahip olduğumuz hakkında doğrudan çıkarım yapabiliriz. Peki bu uzunlukta bir DNA ipl
Devamı