Biyoinformatik Dünyası

PubMed Nedir, Ne İşe Yarar, Nasıl Kullanılır? Merhaba değerli okuyucularımız, Bu yazımızda daha önce tanımlamasını yapmış olduğumuz NCBI bünyesinde bulunan önemli bir arama servisi olan PubMed hakkında bilgiler vereceğiz. PubMed nasıl kullanılır, bir makale, kitap veya her hangi bir kaynağa nasıl erişim sağlanır, PubMed de arama nasıl yapılır gibi birçok soruya cevap bulacağınız bir yazı olmasını ümit ediyoruz. PubMed Nedir? Öncelikle ufak bir hatırlatma olması açısından PubMed ile ilgili bilgilerimizi tazeleyelim. PubMed, ücretsiz bir kaynak olmakla birlikte, NLM (National Library of Medicine) gibi önemli veri tabanlarına erişim sağlayan bir arama servisidir. Bilimsel her hangi bir makalenin tamamı PubMed kullanılarak, yazarların da izin vermesi halinde kolayca erişilebilir. Böylelikle araştırmak istediğiniz konuya yönelik kaynaklara rahatça ulaşabilirsiniz. Bir Protein Hakkında İsmini Kullanarak Bilgi Edinmek Birkaç varsayımla işe başlayalım. Örneğin, uzun yıllardır...

DNA Dizileme Yöntemleri-2 Bu yazımızda 2006 yılından itibaren geliştirilmekte olan farklı DNA dizileme yöntemlerine uzun bir aradan sonra devam ediyoruz. İlk yeni nesil dizileme, 454 Pyrosequencing 2005 yılında Roche firması tarafından geliştirildikten sonra, farklı firmalar daha az maliyette daha iyi bir sonuca ulaşmak amacıyla yeni nesil dizileme metotlarını geliştirmekte rekabet içine girdiler. Firmalar tarafında hedeflenen dizileme maliyeti 1000$ olarak belirlendi. Böylelikle dizileme metotlarının dünya çapında daha çok kullanılması amaçlandı. Illumina Genome Analyzer Illumina 1998 yılında Amerika’da kurulmuş olan, biyolojik verilerin analizi, genetik bilginin işlenmesi gibi birçok alanda ürün geliştiren ve pazarlayan bir firmadır.   Illumina 2006 yılında geliştirdiği Genome Analyzer 2006 yılında Genome Analyzer isimli ilk SOLEXA dizileme metodunu geliştirdi. Bu cihaz önceki yöntemlere göre popülaritesi çok yüksek olan bir cihazdır çünkü bir çalıştırmada 1 gigab...

Bu yazımızda DNA dizileme yöntemlerine ilişkin bir takım bilgiler paylaşmayı hedefliyoruz. DNA dizileme neden yapılır, hangi teknikler kullanılır, bizlere nasıl bir fayda sağlar gibi farklı alt başlıklarda kısaca konuyu toparlayacağız. DNA dizilemeyi basitçe şu şekilde tanımlayabiliriz; bir DNA ipliğinde bulunan 4 farklı bazın (A,G,C,T), kesin ve doğru bir sırada dizilenmesine DNA dizilimi (DNA sequencing) denir. Öncelikle insanlarda genetik yapıya  geri dönüş yapalım ve bazı sayısal bilgilerden söz edelim. Bildiğiniz gibi insanlar 23 çift kromozoma yani toplamda 46 kromozoma sahiptirler ve bu kromozomlar 50,000,000 dan 300,000,000 a kadar değişen baz çifti (A-T, G-C bazlarının karşılıklı ipliklerde kimyasal bağlarla -hidrojen bağı-  birleşerek oluşturdukları çift yapı) içerirler. Bu da yaklaşık olarak 3,2 milyar DNA bazına tekabül eder.  Sayıyı düşündüğümüz zaman oldukça uzun bir DNA zincirine sahip olduğumuz hakkında doğrudan çıkarım yapabiliriz. Peki bu uzunluk...

Biyoloji ve genetik, veri açısından oldukça yoğun bilim dalları olmaları   sebebiyle istatistiksel ve bilişimsel metotlar çokça kullanılmaktadır. Bu metotların başka araştırmacılar tarafından da ulaşılabilir olması ve yapılan bilişimsel araştırmaların   tekrarlanabilirliği önemlidir. Tekrarlanabilirlik, bir çalışmada yapılmış olan analizlerin detaylı bir şekilde tanımlanması ve başka bir araştırmacı tarafından başka bir ortamda gerçekleştirilebilmesidir. Böylece bir araştırmacı, bir veri seti kullanarak başka bir araştırmacının farklı bir veri setiyle yapmış olduğu araştırmayı tekrarlayabilir. Maalesef çoğu yayımlanmış olan analizler tekrarlanabilir değildir. Bunun sebebi ise yazılım, parametre, kullanılan programların versiyonu hakkında bilgilerin eksik olmasıdır. Galaxy Platformuna Giriş Galaxy, genomik için erişilebilir bir analiz sistemidir. Galaxy herkes için ücretsiz olan bir web servisidir ( https://usegalaxy.org/  ). Birçok araç bulundurur, kalıcı ol...

NCBI Bir önceki yazımızda bahsetmiş olduğumuz veri tabanlarından biri olan NCBI (National Center for Biotechnology Information), hesaplama biyolojisinde araştırma yapan, genom verilerini analiz etmek için yazılım araçları geliştiren ve biyomedikal bilgiyi yayan, NLM (National Library of Medicine)’nin alt birimidir. 1988 yılında ABD’ de kurulmuştur. NCBI, matematiksel ve bilişimsel yöntemler kullanarak, moleküler seviyede temel biyomedikal alanlardaki problemler üzerine araştırmalar için rehberlik yapar.   Makale, gen, protein, nükleotid gibi farklı veri tabanları içerir. Bu veri tabanları sayesinde, literatür tarama, sekans araştırması yapma, farklı organizmalara ait genetik bilgiyi araştırma vb. bir çok alanda araştırmacılara kaynak sağlar. Öne çıkan popüler kaynaklar şöyledir; PubMed : MEDLINE (Medical Literature, Analysis, and Retrieval System Online)’ da 24 milyondan fazla alıntıya erişim sağlayan National Library of Medicine (NLM) ve diğer ilgili veri ...

Veri Tabanı  Nedir?      Veri tabanı, verilerin sistematik bir şekilde toplanmasıyla oluşan, verinin depolanmasını ve üzerinde değişiklikler yapılmasını sağlayan elektronik bir bilgisayar sistemidir. Veri tabanları, herhangi bir verinin kolayca elde edilmesi konusunda ve aynı zamanda bir verinin değiştirilerek güncel bir yapı haline getirilmesinde yardımcı olurlar. Basit bir örnek verecek olursak; bir telefon rehberine kişilere ait isimleri  ve telefon numaralarını kaydetmek için bir veri tabanı kullanmak gerekir. Veri tabanları bilgilerin düzenli bir şekilde depolanması için önemlidir. Farklı kullanıcılar tarafından erişilebilirlerdir. Biyoinformatik Alanında Veri Tabanları Biyoinformatik alanı, çalışma alanı itibariyle biyolojik bilgilerin oluşturulması ve bu oluşturulan bilgilerin düzenli bir biçimde saklanması için veri tabanlarına ihtiyaç duyar. Biyolojik veriler, oldukça yoğun olduğundan dolayı haliyle bir veri tabanına -sistematik ve düze...